Не знаю, как на 5,4, но у меня на 4,6 несколько раз причиной пропусков зажигания являлись наконечники катушек зажигания. Их ресурс не так уж велик, со временем дубеют, трескаются, их начинает пробивать. Надо периодически менять.
Ну и один раз у меня собственно катушка вышла из строя. Тоже иногда бывает.